Они руководили ГРУ
В 1944 году в прифронтовых районах Серов руководил массовыми арестами и депортацией гражданского населения, активно участвовал в операции по выселению чеченцев и ингушей, крымских татар.
В июле 1944 года Серов руководил арестами на территории Литвы, в августе 1944 года в Люблине занимался подавлением польского национального движения. 7 октября 1944 года И.А. Серов вылетал в Румынию для усмирения вышедшего из-под советского контроля румынского военного командования.
11 января 1945 года И.А. Серов был назначен уполномоченным НКВД СССР по 1-му Белорусскому фронту. Он должен был «проводить необходимые мероприятия, обеспечивающие выявление и арест шпионско-диверсионной агентуры германских разведывательных органов, террористов, участников различных вражеских организаций, повстанческих групп, независимо от национальной принадлежности и гражданства».
2 мая 1945 года И.А. Серов был назначен заместителем командующего 1-м Белорусским фронтом по делам гражданской администрации.
Приказом НКВД от 4 июля 1945 года И.А. Серов был назначен уполномоченным НКВД СССР по группе советских оккупационных войск в Германии (ГСОВГ). В то же время он работал заместителем Главнокомандующего ГСОВГ Г. Жукова по вопросам гражданской администрации. Серов подчинил себе все советские спецслужбы на территории советской зоны, в том числе и СМЕРШ.
Постановлением Совета министров СССР от 13 мая 1946 года И.А. Серова включили в члены спецкомитета, занимавшегося поисками материалов по реактивной технике и причастных к ее разработке немецких специалистов.
24 февраля 1947 года И.А. Серов был назначен на пост первого заместителя министра внутренних дел и в начале апреля возвратился в Москву. Ему поручили наблюдение за главным управлением пограничных войск, отделом контрразведки в МВД, отделом правительственной связи «ВЧ», управлением войск правительственной связи и специальными отделами — 1-м (учетно-архивным) и 2-м (фондом рассекреченных приказов). В июле 1948 года его обязанности несколько меняются. Он уже не курирует работу подразделений правительственной связи, переданных им из МВД в МГБ и 2-го спецотдела, поскольку вместо них образуется Главное управление по делам военнопленных и интернированных.
К февралю 1951 года, когда милиция, пограничная служба и борьба с бандитизмом были переданы в МГБ, И.А. Серов стал заниматься в основном лагерной и хозяйственной сферами. В его обязанности входит курирование: Главного управления лагерей, Главного управления по делам военнопленных и интернированных, Главного управления военного снабжения, Тюремного управления, Хозяйственного управления, 1-го спецотдела, отдела контрразведки в МВД, отдела перевозок, автотранспортного отдела, юридической части МВД и Главного арбитража. В январе 1953 года ему дополнительно поручается курирование Главспецнефтестроя, особого дорожностроительного корпуса и отдела ведомственной охраны. Помимо постоянных бывали и разовые поручения: так, 10 марта 1952 года И.А. Серов был командирован на Волгодонстрой до ввода в действие канала. Руководя «армией» заключенных, он добился выполнения намеченного графика работ.
В марте 1953 года МВД и МГБ были объединены в одно министерство во главе с Л. Берией. Заместителями он выбрал Б. Кобулова, С. Круглова и И. Серова. Серов отвечал за работу 6-го управления МВД (контрразведка на транспорте, Главного управления милиции, Управления службы местной противовоздушной обороны, Главного управления пожарной охраны, отдела по контролю и инспектированию ВОХР и тюремного управления).
События июня 1953 года круто изменили судьбу И.А. Серова. Задумав отстранить от руководства и арестовать Л. Берию, Е. Маленков и Н. Хрущев заручились поддержкой верных людей в МВД. Маленков прекрасно знал Круглова еще по совместной работе в 1938 году в аппарате ЦК, его выдвинул на ответственную работу в НКВД. Хрущев, в свою очередь, мог положиться на Серова. Серов и Круглов без колебаний стали на сторону участников заговора против Берии. План удался. Ничего не подозревавший первый заместитель председателя Совета министров, член президиума ЦК КПСС и министр внутренних дел был арестован и обезоружен прямо на заседании президиума ЦК КПСС. После ареста Берии заседание президиума ЦК КПСС продолжилось, на нем Круглов был утвержден министром внутренних дел, а Серов — его первым заместителем. Теперь Серов по праву считался вторым человеком в МВД. По новому распределению обязанностей ему поручалось курирование 2-го главного управления (разведка), 3-го Управления (военная контрразведка), 6-го управления (контрразведка на транспорте), 7-го управления (оперативное), тюремного управления, специальных отделов — 1-го (архивно-учетный), 3-го (изготовление документов), 4-го (радиоконтрразведка), 5-го (изготовление средств оперативной техники), отдела «С» (спецсвязь и комендатуры МВД). Круг его обязанностей включал только руководство важнейшими подразделениями госбезопасности — это был серьезный шаг к назначению первым чекистом страны.
Указом Президиума Верховного Совета от 13 марта 1954 года был образован КГБ при СМ СССР, а его председателем назначен И.А. Серов. Согласно решению ЦК. на КГБ возлагалась главная задача: «В кратчайший срок ликвидировать последствия вражеской деятельности Берии в органах Государственной безопасности и добиться их превращения в острое оружие нашей партии, направленное против действительных врагов нашего социалистического государства, а не против честных людей».
В июне 1954 года И.А. Серов провел всесоюзное совещание руководящих работников КГБ, на котором разъяснил новые задачи «органов», их роль и место в обеспечении безопасности страны. На совещании выступил Первый секретарь ЦК КПСС Н. Хрущев. После его речи высказался Серов: «Вы убедились, насколько т. Хрущев глубоко знает нашу работу и насколько четко, предельно ясно дал указание по агентурнооперативной работе. Вот что значит человек громадного ума и большой практики. Ведь многие из вас работают по 10–15 лет, а иной раз скатываются на всякие глупости. Поэтому вы должны четко, ясно помнить все указания, которые были даны т. Хрущевым».
Выполняя решения руководства, И.А. Серов провел чистку аппарата госбезопасности, уволил и лишил званий сторонников Берии. В феврале 1956 года он доложил в ЦК КПСС об увольнении из КГБ за период с марта 1954 года 16 тысяч сотрудников, как не внушающих политического доверия, злостных нарушителей социалистической законности, морально неустойчивых, карьеристов. В справке к июньскому пленуму ЦК КПСС 1957 года Серов писал о том, что уволено 18 тысяч, в том числе более 2300 сотрудников — за нарушение советской законности, злоупотребление служебным положением и аморальные поступки. Кроме того, 40 бывших работников органов госбезопасности были лишены генеральских званий. Заменены почти все руководящие работники главных управлений, управлений и отделов центрального аппарата. На эти должности ЦК КПСС направил более 60 человек с руководящей партийной и советской работы. За проявленное усердие 8 августа 1955 года И.А. Серову было присвоено звание генерала армии.
На XX партийном съезде в феврале 1956 года Серов был избран в члены ЦК КПСС, он также избирался депутатом Верховного Совета РСФСР 4-го (1955–1959) и 5-го (1958–1962) созывов.
В ноябре 1956 года И.А. Серов участвовал в подавлении народного восстания в Венгрии. События в Венгрии и Польше напугали руководство КПСС, и весной 1957 года Хрущев на встрече с писателями заявил: «Если кто думает сделать так, как в Венгрии, — в порошок сотрем». Серов четко уловил новую установку, и в 1957 году КГБ произвел рекордное количество арестов за «контрреволюционные преступления».
Доверие Хрущева Серов оправдывал везде, даже в зарубежных поездках. В конце 1955 года Н. Булганин и Хрущев, отправляясь в месячную командировку в Индию, Бирму и Афганистан, для обеспечения «личной безопасности» взяли с собой И.А. Серова. Он также сопровождал их в мае 1956 года во время поездки в Великобританию, и в июне 1957 года — в Финляндию.